A maneira debian de se compilar um kernel é a seguinte.
Entre no diretório onde você descompactou o kernel (geralmente /usr/src/linux-versao-do-kernel) e execute:
# make-kpkg --initrd --revision=1 --append-to-version=-{seunome} kernel_image
Obs: onde eu coloquei {seunome} nao coloque as chaves {}
Ao terminar o processo de compilação sem erros, você terá no diretório /usr/src um arquivo similar ao abaixo:
# kernel-image-2.6.16-{seunome}_1_i386.deb
para instalar o novo kernel, use o seguinte comando:
# dpkg -i kernel-image-2.6.16-{seunome}_1_i386.deb
ele irá instalar o kernel nos locais apropriados, e adicionar ao grub ou lilo dependendo de qual você esta usando
Caso necessário, crie o initramfs usando:
# mkinitramfs -o /boot/initrd-2.6.16-{seunome}_1_i386 2.6.16-{seunome}_1_i386
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